Com mais de 200 cursos d'água, entre rios, arroios, açudes, barragens, sangas e outros, Lavras do Sul, por conta de seu território, abrange duas bacias hidrográficas de grande extensão, fazendo um divisor de águas natural entre as porções leste (Sede Municipal e localidade da Meia Lua) e oeste (Ibaré e Segundo Distrito).
O Arroio Camaquã das Lavras, que banha a zona urbana (Sede), com mais de 20 km de extensão, é uma das referências do município. Nele, além de diversas pontes, há a Praia do Paredão (Camping Municipal Zeferino Teixeira), bastante frequentada no verão. A Bacia do Rio Camaquã, um dos cursos d'água mais importantes da metade sul gaúcha, nasce entre Lavras do Sul e Dom Pedrito, com a denominação de Camaquã-Chico, transformando-se em Rio Camaquã a partir do limite com Caçapava do Sul e Bagé e desembocando na Laguna dos Patos, pós cerca de 420 km de extensão. Ao todo, 53% do território lavrense é banhado por esta bacia. Já a Bacia do Rio Santa Maria (47% do território lavrense, na porção oeste) é composta por paisagens mais planas - a do Camaquã apresenta cerros mais elevados. O Ibaré localiza-se nesta bacia, na qual o Arroio Jaguari corta a zona urbana ibareense. Nas duas bacias, é comum observar bancos de areia às margens dos rios, além de sedimentos (restos de minerais levados pelas correntezas e se acumulando nos rios, arroios, etc), que formam pequenas praias de areia grossa. Estes sedimentos também levam às margens rochas sedimentares, quartzos e outros. Vale lembrar que o município tem uma vasta riqueza mineral e possível a observação de rochas em vários pontos do território lavrense, seja no chão ou gigantes em alguns terrenos.Não há navegação de grande porte nos rios lavrenses. Porém, é possível se banhar e utilizar alguns trechos rios para praticar esportes de verão, como a canoagem, mas com supervisão de profissionais experientes.
Outro ponto importante da hidrografia sul-lavrense é o Marco Gaúcho das Águas. Pouco conhecido dos gaúchos, localiza-se em uma fazenda no limite com São Gabriel e simboliza a união dos três principais sistemas hidrográficos gaúchos: Camaquã/Atlântico Sudeste, Guaíba e Santa Maria/Uruguai. Foi inaugurado em 2004, pelo Governo Estadual e na gestão do ex-prefeito de Lavras do Sul, Aristides Costa. Atualmente (2025), o monumento teve parte de sua estrutura retirada.